As dificuldades perante as quais o gestor público pode se deparar quando da implantação de ferramentas modernas da gestão de pessoas em um órgão da Administração Pública são muitas desde os limites da atuação técnica diante de problemas estruturais, como o desde a falta de pessoal, à falta de qualificação profissional dos servidores, desvio de função e conflito de gerações dentro da instituição.

O lado humano tem papel decisivo no processo de inovação do serviço público. Assim, cabe ao setor público propiciar um ambiente adequado ao desenvolvimento e ao uso de novas tecnologias, fortalecendo o clima de trabalho e a cultura organizacional, disseminando valores e incentivando relacionamentos condizentes com o estilo gerencial participativo. Para que haja desenvolvimento de produtos e serviços é imprescindível que a estratégia seja bem definida e repassada à equipe para a sua implementação. Nem sempre é fácil delegar responsabilidades e garantir um funcionamento harmônico entre a equipe de desenvolvimento. Nesse caso, é necessário que a administração superior  atue dissipando os conflitos pessoais e recompensando as ideias que forem aproveitadas.

O grande desafio não reside no uso do modelo de competência em si, mas na sua associação a uma redefinição profunda das condições de produtividade e do desempenho, isto é, aproveitar as competências dos servidores como uma fonte central da força produtiva do serviço público capaz de gerar inovação.

Evidencia-se a busca de alinhamento entre as práticas de recursos humanos e as estratégias, enfatizando as pessoas como recurso diferencial para o sucesso. A gestão de competências da IPP é realizada com base na identificação de competências individuais, através da avaliação de desempenho por resultado do trabalho individual e com base nas estratégias competitivas da empresa, refletidas em sua estrutura organizacional formulada por processos e projetos de trabalho, isto é, a gestão orienta os gerentes quanto às necessidades de recursos, às polí- ticas de recrutamento, de treinamento e de recompensa e à realização de seus processos e de suas atividades.

 No entanto, a rotina da gestão de competências humanas em institutos públicos de pesquisa e desenvolvimento (IPPs) enfrenta vários desafios:

 a) mudança na cultura organizacional historicamente estabelecida a fim de criar mecanismos apropriados ao novo contexto volátil do mercado, foco nos clientes e na criação de parcerias de trabalho e de financiamento;

 b) incentivo de novos valores culturais a respeito da maior necessidade de ampliar e diversificar as fontes de captação e geração de recursos, criando maior cooperação com o setor privado;

c) integração entre os objetivos estratégicos e a profissionalização gerencial dos empregados em exercício de funções administrativas a fim de melhorar o controle dos resultados alcançados;

d) flexibilização de estruturas centralizadas com o intuito de desvincular a gestão de recursos humanos da visão baseada nos cargos e nas tarefas, e vinculando-a a uma visão baseada em competências humanas;

e) uso de sistemas de avaliação de desempenho consistentes e capazes de avaliar as competências de cada empregado; reconhecendo na avaliação do desempenho humano o âmbito das atitudes (querer fazer), além do âmbito das habilidades (saber como fazer), do conhecimento (informações e experiências) e da produção (resultados);

f) inserção no sistema de avaliação de uma abordagem coletiva e social da gestão de competências, privilegiando o feedback dos dados levantados e a reciclagem dos processos da organização.

g) utilização dos resultados da avaliação de desempenho na formulação do planejamento estratégico;

h) conscientização da importância dos sistemas de avaliação de desempenho a fim de amenizar a grande resistência e descrença cultural com o desenvolvimento de competências humanas;

 i) reforço do papel do aprendizado no processo de inovação e criação de vantagens competitivas duradouras focando a clientela, ou seja, focando-se ‘o que inovar’ e não só ‘o como inovar’.